介绍了一套新型的纳米三维刻划加工控制系统，系统基于AFM原子力显微镜，配合三维微动工作台，设计开发了专门的加工控制装置，成功的实现了纳米刻划加工中的深度控制问题，可实现在X、Y、Z方向分别为100pm×100pm×20pm范围内，X、Y向精度为±5nm、Z向精度为士10nm的三维结构机械刻划加工，应用结果表明，该系统实现了具有在位形貌检测功能的三维纳米刻划加工，在微纳米刻划加工领域具有一定的实用性和推广价值。