三轴数字磁通门传感器信号处理电路的延时（相位延迟）及各轴延时不一致,影响数字滤波器的输出性能。提出了基于加权最小二乘法的互功率谱相位法计算延时的方法,针对该数字滤波器的特性,选择传感器的不同谐波信号对比分析相位延迟计算的精度,并设计了传感器的自动相位对准方法。实验结果表明：该计算方法精确有效,自动相位对准使滤波器输出性能提高25.89%。