采用新型的质谱软电离方法，如基体辅助激光解吸电离（MALDI）和/或者电喷雾离子化（ESI），可获得微生物的质谱图。当微生物经过纯化、分级、富集和色谱分离后，可将ESI与多种质量分析器相结合，进行大规模的不同微生物的蛋白质组学研究。相反，MALDI对盐和其他杂质的耐受能力高，因此，在只对样品进行简单处理的情况下，MALDI可被用作快速检测和鉴定完整微生物的质谱传感器平台的离子源。