氦离子显微镜能够提供所有扫描射线法中最高空间分辨率的表面图像,以及极高的表面灵敏度。这些因素结合起来,能提供纳米级的无与伦比的样品信息。结合这种工具独特的充电控制技术,一些应用问题可以得到解决。本文介绍了一些近期的结果。例如,生命科学影像往往依赖于研究高度绝缘的轻型有机材料的表面形貌。氦离子显微镜无需导电涂层就可以提供极好的成像。诸如生物工程学研究之类的应用,可同时受益于充电控制和氦离子成像可避免电子束辐射造成损伤的优点。可以使用氦离子显微镜进行离子散射能谱分析,从而将这项灵敏度最高的表面技术应用于同时要求具有空间分辨率的分析任务中。氦离子显微镜也用于表面和材料的图形化。这对于创建和表征纳米级的新特性是至关重要的。