为了减小夹角余弦法或相关系数法在色谱指纹图谱分析中的误差，提出了峰面积权值非均一性进行相似度计算的新方法。夹角余弦法或相关系数法在色谱指纹图谱分析中存在一定的局限性，通过一个实例及折线图可以看出此二方法与现实情况不相符，另则此二方法对浓度的变化不敏感，对计算结果带来较大的误差。夹角余弦法、相关系数法与数据线性比例没有关系，化学成分比例不变，但其总量变化，则此二者难以体现这种变化；新的算法够体现这种化学成分比例的变化，新方法适合于与总量有关的中药与香精香料的质量分析。