设计了一个能在四极杆和四极离子阱质谱仪中通用的数字控制系统结构。新结构在商业仪器PolarisQ结构的基础上，增加了PCI04总线用于扩展硬件，以32位MCU和FPGA为核心处理器，基于操作系统uClinux的多任务编程而不使用DSP器件，设计了通用远程控制协议和基于FPGA的分时段同步程序。基于这种结构开发的数字控制系统在EI-四极杆，EI-矩形离子阱，ESI-矩形离子阱3种产品样机中成功应用。相比现有的结构，新结构兼备了小型化和通用性。