扫描探针显微镜的全数字控制通常采用数字信号处理器来进行，而PC机只辅助进行数据处理和显示。本文给出一种新的全数字控制方案，即在普通PC机上使用修改了内核的Linux操作系统实现对扫描探针显微镜进行多线程、高精度的实时控制。这种方法省掉了数字信号处理器的硬件开销及其与PC机通信部分的技术投入，而充分利用PC机自身强大的运算和编程功能，实现了对扫描探针进行任意方式的操控。此方法已成功应用于一套实验室自制的超高真空扫描隧道显微镜中，得到了清洁Si（111）表面7×7重构的原子分辨像。