针对新型的直管型和微弯管型科氏质量流量计（CMF）基频较高,满量程相位差微小的特点,提出一种以FFT算法为核心,由FPGA硬件逻辑及外围电路实现频率跟踪,通过调整DDS产生可变时钟实现AD采样频率闭环控制的CMF信号处理系统,以满足FFT算法整周期采样的条件,减小由于非整周期截断带来的频谱泄露对计算精度的影响,实现了实时准确的CMF输出信号的频率和相位差的解算。实验结果表明,该系统相位计算误差小于±0.1%,线性度良好,测量频率范围广,在新管型CMF的二次仪表中具有广阔的应用前景。