针对包含易变质药品的柔性均衡制药车间调度问题,提出一种基于列生成框架的算法.通过设计面向虚拟作业对的排序策略,表征制药过程中的无等待现象,利用动态规划方法求解由原调度问题衍生出的价格问题,并设计改进的分支定界算法求得最终的调度方案.由不同规模的数值实验可知,对于规模较小的多阶段连续型柔性制药车间调度问题,提出的算法可求得最优解;对于传统优化软件难以求解的较大规模问题,该算法仍可在较短时间内得到高质量的药品生产调度方案,从而验证了该调度算法的有效性,并可为实际连续型柔性制药车间提供辅助排程决策.