在核酸扩增反应仪中，基因芯片核酸扩增反应过程要求实现温度高精度快速跟踪控制，常规温控方案和算法难以实现。将模糊推理系统与常规PID控制方式相结合，采用模糊自整定PID控制算法实现了温度快速跟踪控制。实验结果表明：模糊自整定PID控制算法比常规PID算法具有更强的鲁棒性，能够克服控制对象热惯性参数时变性的影响，降低了输出温度最大超调量，提高了稳态精度。