基于FPGA的可重配置特点，介绍了基于PCI总线的硬件模块的可重配置设计方法，提出了一种通过PC主机对硬件功能模块的快速重配置方案，并对配置数据处理、重配置控制流程、仪器驱动等进行了详细阐述。实验表明，该方案能够处理不同的配置数据容量，可适应多片链接的配置芯片，而且重配置效率高，并可应用于远程配置。