本文根据PC/104在海洋监测系统应用中出现的问题,提出了基于PC/104系统的ISP（在系统编程）的方法。并从主机、从机两个方面分别给出了实现该方法的思路、流程以及一些需要注意的问题。该方法的应用有效提高了基于PC/104的嵌入式系统程序调试的效率,降低了已安装系统程序升级的复杂度。