作为动力疲劳敏感结构，深水钻井隔水管的长期疲劳性能是重要的设计考虑。提出一种深水钻井隔水管波致长期疲劳计算方法，用以计算一阶波浪载荷和波频浮船运动以及二阶低频浮船运动引起的长期疲劳。采用该方法，根据波浪散布图定义的短期疲劳工况，基于双参数P-M（Pierson-Moskowitz）波浪谱与钻井船响应幅值算子模拟随机波浪与随机钻井船运动，然后进行随机波浪载荷与钻井船运动作用下隔水管非线性动力分析。在得到隔水管响应时间历程的基础上，考虑波浪散点图中所有短期工况的概率，自行开发专用程序计算隔水管波致长期疲劳损伤。算例实现南海海域1500m长钻井隔水管的波致长期疲劳分析。重点研究钻井船运动、顶部张紧力和壁厚对隔水管疲劳的影响。文中提出的隔水管波致长期疲劳计算方法简单实用，可用于工程实际。